L'Area Marina Protetta di Capo Carbonara nasce con la firma del decreto istitutivo tra il Ministero dell'Ambiente, l'Assessorato Difesa Ambiente della Regione Sardegna ed il Comune di Villasimius il 15 settembre 1998. Con il decreto del Ministero dell'Ambiente del 3 agosto 1999, pubblicato nella Gazzetta Ufficiale n. 229 del 29-09-1999, si apportano delle modifiche al decreto ministeriale istitutivo dell'area marina protetta denominata Capo Carbonara.

L'Area Marina Protetta si estende su 32 km di costa e comprende 8.857 ha di mare suddivisi, sulla base degli studi preliminari, in 3 zone a diverso grado di tutela: (vedi Zonazione delle Aree Marine Protette)
Zona A di Riserva Integrale, comprendente il settore ovest dell'isola di Serpentara;
Zona B di Riserva Generale, comprendente il settore est dell'Isola di Serpentara, l'isola dei Cavoli - Capo Carbonara, la Secca dei Berni, la Secca di Libeccio ed il settore Sud dell'Isola dei Cavoli;
Zona C di Riserva Parziale, comprendente il restante tratto di mare all'interno del perimetro generale dell'area.

Oltre alle indicazioni di carattere generale contenute nel decreto il Comune di Villasimius ha previsto una Disciplina provvisoria delle attività consentite, agile strumento per la regolamentazione di tutte le attività a mare: pesca professionale e sportiva, trasporto passeggeri, noleggio delle imbarcazioni, immersioni subacquee sono fra le più rappresentative.