Le aree marine protette "sono costituite da ambienti marini dati dalle acque, dai fondali e dai tratti di costa prospicienti che presentano un rilevante interesse per le caratteristiche naturali, geomorfologiche, fisiche, biochimiche, con particolare riguardo alla flora e alla fauna marine costiere e per l'importanza scientifica, ecologica, culturale, educativa ed economica che rivestono".

Gli obiettivi che si vogliono raggiungere con l'istituzione di un'area marina protetta sono i seguenti:

la protezione ambientale dell'area marina interessata;
la tutela e la valorizzazione delle risorse biologiche e geomorfologiche della zona e il ripopolamento ittico;
la diffusione e la divulgazione della conoscenza dell'ecologia e della biologia degli ambienti marini e costieri dell'area naturale marina protetta e le caratteristiche ambientali e geomorfologiche della zona;
l'effettuazione di programmi di carattere educativo per il miglioramento della cultura generale nel campo dell'ecologia e della biologia marina;
la realizzazione di programmi di studio e ricerca scientifica nei settori dell'ecologia, della biologia marina e della tutela ambientale, al fine di assicurare una conoscenza sistematica dell'area;
la promozione di uno sviluppo socio-economico compatibile con la rilevanza naturalistico-paesagistica dell'area, privilegiando le attività tradizionali locali già presenti.

Di tutto ciò si deve occupare l'Ente Gestore che, nel caso dell'Area Marina di Capo Carbonara, è il Comune di Villasimius in seguito alla convenzione stipulata il 21 dicembre 1998 tra il Ministero dell'Ambiente - Ispettorato Centrale per la Difesa del Mare - e il Comune di Villasimius, in accordo con la Regione Autonoma della Sardegna.